Bio-informatics Edit distance source code for alignment of two genome Sequence in perl

Edit distance problem(By modified LCS):

If input is >>
A
AAAA
Then output is >>
------A
AAAA

where --- means insert. Delete can be handle in same way and replace also.
Complex one is>>
ATCGA
TGAC

out >>
A T C G A -
-  T  - G A C

Now the code is in perl and is given bellow....
***********************************************************************************


main(@ARGV);
my $co = 0;
my($x,$y);


sub main
{

  my @line;
  my @a;
  my @b;
  my $c = 0;
  open(MYDATA,"in.txt");
  while($line = <MYDATA>)
  {
    chomp($line);
    if($c == 0)
    {
       @a = split'',$line;
    }
    else
    {
       @b = split'',$line;
    }
    ++$c;
  }
  close MYDATA;

   lcs(\@a,\@b);
   print"$x\n";
   print"$y\n";

}



sub lcs
{
  
   my($s,$t) = @_;
   my @a = @{$s};
   my @b = @{$t};
   my $i;
   my $j;
   my @mat = [(1...30),[1...30]];
   my @tra = [(1...30),(1...30)];
   $s = @a;
   $t = @b;
   my $rt;
 #  print"@a\n";
 #  print"@b\n";
    if($s > $t)
    {
     $rt = $s;
    }
    else
    {
     $rt = $t;
    }
   
  
   for($i=0;$i<=$s+1;$i++)
   {
        for($j=0;$j<=$t+1;$j++)
        {
            $tra[$i][$j] = 0;
        }
   }

   for($i=0;$i<=$rt;$i++)
   {
     $mat[$i][0] = 0;
     $tra[$i][0] = 2;
   }
  
   for($i=0;$i<=$rt;$i++)
   {
     $mat[0][$i] = 0;
     $tra[0][$i] = 1;
   }
  
   for($i=1;$i<=$s;$i++)
   {
        for($j=1;$j<=$t;$j++)
        {
           if($a[$i-1] eq $b[$j-1])
           {
             $mat[$i][$j] = $mat[$i-1][$j-1]+1;
             $tra[$i][$j] = 3;
           }
           else
           {
              if($mat[$i-1][$j] >= $mat[$i][$j-1])
              {
                $mat[$i][$j] = $mat[$i-1][$j];
                $tra[$i][$j] = 2;
              }
              else
              {
                $mat[$i][$j] = $mat[$i][$j-1];
                $tra[$i][$j] = 1;
              }
           }
        }
   }
   
  printlcs(\@a,\@b,\@tra,$s,$t);
 
  
 
}

sub printlcs
{
   my($s,$t,$r,$i,$j) = @_;
   my @a = @{$s};
   my @b = @{$t};
   my @tra = @{$r};
  
  # print $tra[$i][$j]," ";
   if($i == 0 && $j == 0)
   {
     return $x,$y;
     last;
   }
   elsif($tra[$i][$j] == 3)
   {
   
     printlcs(\@a,\@b,\@tra,$i-1,$j-1);
     $x = $x.$a[$i-1];
     $y = $y.$b[$j-1];
   
   }
   elsif($tra[$i][$j] == 2)
   {
   
     printlcs(\@a,\@b,\@tra,$i-1,$j);
     $x = $x.$a[$i-1];
     $y = $y."-";
    
   }
   elsif($tra[$i][$j] == 1)
   {

     printlcs(\@a,\@b,\@tra,$i,$j-1);
     $x = $x."-";
     $y = $y.$b[$j-1];
    
   }
 
}